巫术将这些绝地学徒控制。乌立克·奎卓玛则在夸尔星球（Kuar）的哈库平原上单挑曼达洛（Mandalore），获胜后赢得了曼达洛本人及其麾下战士的效忠。之后，乌立克率领曼达洛与克拉斯的联军，驾驶三百艘战舰直捣共和国首都星球科洛桑。绝地武士与共和国联军奋力击败入侵者，阿丽玛见势不妙先行撤退，乌立克·奎卓玛被俘。共和国议院开庭审判乌立克的罪行，但艾克萨·亢闯入议院救走乌立克·奎卓玛，并在决斗中亲手杀死自己过去的师傅沃多·席奥斯科-巴斯（Vodo　Siosk-Baas）。亢还派遣堕落的绝地学徒去刺杀各自的师傅。为报复阿丽玛的背叛，乌立克派遣阿丽玛与黑暗绝地学徒科雷多（Crado）去执行一件特殊任务。两人启动从纳加·撒都的旗舰上寻获的终级武器，在克龙星团（Cron　cluster）引发超新星爆炸，星际能量风暴泯灭了克龙星团，连欧萨司星球也遭到波及，行星表面被撕裂，绝地档案馆被摧毁。

绝地大师杜库（Dooku）与西弗迪阿斯(Sifo-Dyas)是好友，两人都对共和国的腐朽堕落深感不满。但绝地理事会无意主动干涉共和国内政。纳布危机结束后，两人决定绕开绝地理事会及共和国议会，自行调查隐藏的西斯黑暗君主。共和国最高议长帕帕丁诱骗西弗迪阿斯向卡米诺人定购克隆军队以应付日后可能出现的战争。然后，帕帕丁再利用杜库渴望改革共和国的政治理想主义，诱使其脱离绝地教团，以瑟里诺星球（Serenno）伯爵的身份领导星系分裂主义活动。杜库堕入黑暗面，他接受西斯试炼，杀死西弗迪阿斯，成为帕帕丁的新徒弟——西斯黑暗君主达斯·泰若勒斯（Darth　Tyranus）。之后，杜库伯爵将卡米诺星球坐标从绝地档案库的银河系星图中秘密删除，并雇佣赏金猎人詹高·费特（Jango　Fett）提供DNA作为克隆军队的模版。

22　BBY，在杜库伯爵的领导下，成百上千的星球宣布脱离共和国，组成“星系自治邦联”向共和国宣战。帕帕丁名正言顺地获得战时紧急权力接管克隆军队。克隆战争的第一次战役在吉奥诺西斯星球（Geonosis）打响，随后战火蔓延到了整个银河系。尽管绝地一再强调自己是维和力量而非军队，但在共和国最高议长帕帕丁的一再请求下，绝地再也无法置身事外，被迫担任克隆军队的将军，率军前往各星球平叛。克隆战争共历时三年，分离势力被消灭，共和国元气大伤，绝地武士死伤大半。帕帕丁看好“原力之子”阿纳金·天行者，利用其骄傲

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