自大对绝地理事会不满，以及担心秘密妻子帕德梅会遭遇不测的心理，逐渐引诱阿纳金堕入黑暗面。阿纳金·天行者与杜库伯爵决斗，杜库伯爵被斩掉头颅。战争结束后，绝地终于挖掘出帕帕丁的真实身份。四名绝地大师前去逮捕达斯·西帝厄斯，但反被达斯·西帝厄斯与阿纳金联手杀死。阿纳金·天行者被命名为西斯黑暗君主达斯·维德。帕帕丁随即在共和国议会宣布：绝地谋反且试图刺杀他，现今的每一个绝地都是共和国的敌人。帕帕丁向克隆军队下达第66号令，克隆军队调转枪口向粹不及防的绝地将军开火，达斯·维德则亲自率军消灭了绝地学院里的全部学徒。经此一役，绝地几乎全部灭亡。匆匆赶回的犹达在共和国议院与帕帕丁决战，犹达战败逃走。欧比旺·克诺比与昔日的徒弟阿纳金·天行者在穆斯塔法星球（Mustafar）决斗，阿纳金被打入火山熔浆，导致全身损毁，从此只能依靠维生盔甲苟活。阿纳金的一对儿女被欧比旺·克诺比与奥德朗参议员贝尔·奥加纳（Bail　Organa）分别带走抚养，犹达隐居达戈巴星球（Dagobah）。帕帕丁称帝，建立银河帝国，整个银河系陷于帝国的黑暗统治之下。

帝国的暴政引起人民的反抗，势单力薄的义军同盟以游击战术与帝国周旋了多年。长大成人的卢克·天行者（Luke　Skywalker）与莱亚·奥加纳（Leia　Organa）成为义军的英雄。卢克先后接受了欧比旺·克诺比与犹达大师的训练，成长为新的绝地武士。4　ABY，义军得知皇帝帕帕丁亲临视察正在建造中的死星II号，于是精锐尽出发动对帝国的大决战。卢克·天行者成功地将父亲拉回光明面，阿纳金·天行者拼尽最后一口气，杀死了皇帝帕帕丁。新共和国成立，逐步收复银河系。帕帕丁肉身虽死但阴魂仍存，数年后借助早年预备好的克隆体复活，再次兴风作浪。卢克·天行者为了彻底消灭帕帕丁，假意投靠黑暗面。但正如历史上其余卧底绝地的命运一样，卢克也陷入黑暗面难以自拔，最后依靠莱亚·奥加纳的帮助才得以摆脱帕帕丁的控制。卢克毁灭了帕帕丁的全部克隆体，另一位旧共和国时期幸存下来的绝地Empatajayos　Brand则与帕帕丁的阴魂同归于尽。

西斯再一次被全部歼灭，卢克·天行者建立的新绝地教团稳步发展，但谁能保证今后不会再有绝地堕落为新的西斯呢？原力的光明面与黑暗面的纠葛永恒不绝……

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